純凈水和自來水也都并非對人體有利無害。自來水是水處理廠對來自河流、水庫等水系的水加工處理達到國家自來水標準的水，而純凈水是飲用水公司對自來水中一些雜質加工處理后各項指標達到國家標準相對凈的水。自來水需要煮沸后飲用，純凈水可以直接飲用。純凈水和自來水的危害主要也源于運輸處理的過程中無法完全保證水質的安全和衛生。

自來水由于輸送渠道比較多，各個環節中由于時間長、管道失修、水箱清理衛生不及時等原因容易導致水質變異，影響到水的安全性。因此，對一些管理相對較差的地方，可能會出現自來水到用戶家里時，一些不利的指標已經超出國家的標準。所以飲用前最好是先沉淀幾個小時，再徹底煮沸后再飲用。如果運輸和灌裝的過程中沒有按標準來進行，那么所謂的純凈水也未必是真正達標的純凈水。一些不法分子將不符合飲用標準的自來水灌入純凈水桶中當純凈水賣的行為也曾多次被媒體報道。

另外，純凈水的主要危害則是在過濾的過程中濾掉了水中對人體的礦物質和微量元素，所以如果長期飲用會對人體健康不利。純凈水不但不能補充鈣、鋅等元素，本身體內已有的一些礦物質都會被純凈水吸收而排出體外。所以，純凈水并不適合長期作為飲用水來飲用。