約有1/3左右的化膿性腦膜炎患者，在治療之后會出現神經系統的后遺癥。六個月以下的寶寶患有化膿性腦膜炎預后情況更差。雖然現在醫療水平在不斷提高，而且已經有了針對于引起化膿性腦膜炎各種細菌的疫苗，但是一旦患上該病，情形仍然不容樂觀。

化膿性腦膜炎會使患者的腦粘膜和老師之受損。這種損傷在該病治療之后也是不可逆的。有很多孩子因為患上這種疾病，留下了聽力和視力上的障礙，不少孩子因此而失明。這些后遺癥在今后幾乎是無法恢復的。

化膿性腦膜炎還易給患者留下肢體偏癱的后遺癥，肢體殘疾外還會影響患者的智力發育，造成智力低下這種現象。另外就是化膿性腦膜炎，還會給患者留下癲癇、腦積水，腦出血等等這些后遺癥。

化膿性腦膜炎在發病之后，如果沒有及時進行治療，往往在幾小時內就會造成患者死亡。尤其是嬰幼兒的抵抗力弱，化膿性腦膜炎對孩子們的影響會更大。