阿米巴肝膿腫，除了疾病本身帶給人體的損害之外，其引起的各種并發癥也會帶給患者更多的痛苦。

如果人的腸道因為阿米巴造成了病變，人體當中的溶組織阿米巴滋養體就會跟隨血液進入人的肝臟，受到影響后肝臟會發生壞死的現象。阿米巴肝膿腫病起病時間長，患者往往會有全身性的癥狀。如果膿腫穿破周圍組織，容易引起周圍組織繼發感染，引起各種并發癥。

當膿腫將周圍的器官擊破時，右區膿腫可穿過膈肌，引起患者膿胸，還易造成患者肺部膿腫；如果支氣管被肝膿腫穿破，則會造成患者胸膜-肺-支氣管瘺；膿腫向下發展，可波及大腸、腎臟、以及患者的整個腹腔；當膿腫向左發展時，胃部亦會被膿腫穿破。

左區膿腫波及的范圍也是比較廣泛的，包括心臟，腹腔，胸腔，會導致患者心包炎，腹膜炎，還有胸膜炎。阿米巴肝膿腫所造成的并發癥當中，除了胃腸道以及肝、支氣管瘺預后良好外，其他并發癥的預后都比較惡劣。

慢性的阿米巴肝膿腫容易造成患者繼發感染，感染之后，患者就會伴有寒戰，高熱的這些明顯癥狀，檢測血液后，會發現患者的白細胞和中性粒細胞明顯增多，這提示患者毒血癥加重。