熟黃芪最常見的副作用就是迅速出現“上火”癥狀，例如面紅、心煩、睡眠差或失眠、咽痛、血壓升高或頭暈等，甚至使病情加重或逆轉病勢。

臨床上，一般人經常單獨使用黃芪進補或一次性大量進補，那是沒病找病或加重疾病的危險行為。使用黃芪進補，一般要由少逐漸增加，邊服邊觀察有無上火的表現或身上原有疾病有無加重或是否出現悶、痛的感覺，一旦有則應停用或配藥才能用。如果乏力、多汗或氣喘等癥狀減輕，精神和體力改善而又無上述副作用，可增加用量。

更安全的辦法則是先用黨參，有效而無副作用后再加用或改用黃芪，使用黃芪時采用逐步加量的辦法，以身體能耐受而無副作用為度。最安全的辦法是配方使用。

腎病、陰虛，濕熱、熱毒熾盛者用黃芪一般會出現毒副作用，應禁用。因為陰虛患者服用黃芪會助熱，易傷陰動血；而濕熱、熱毒熾盛的患者服用容易滯邪，使病情加重。如果必須服用黃芪，一定要配伍運用。

陰虛的表現具體有：手足心熱、口咽干燥、腰酸腰痛、潮熱盜汗、失眠多夢、舌質紅無苔、脈細數等。濕熱的表現：有口苦、口干、舌苔黃膩等。熱毒熾盛的表現：有各種化膿性感染，如痤瘡感染、咽部感染、腹膜炎等，表現為滿面通紅、咽紅、咽干、咽痛、口苦口干、唇舌紅絳、舌苔黃燥、脈滑數等。