轉(zhuǎn)基因與非轉(zhuǎn)基因大豆油的區(qū)別主要是原料，一個是用了轉(zhuǎn)基因的大豆，另一個是用了常規(guī)種植的大豆。轉(zhuǎn)基因大豆最顯著的一個特點就是可以抵抗殺草劑——草甘膦。草甘膦會把普通大豆植株和雜草一起殺死，但是卻不能殺死轉(zhuǎn)基因大豆植株。非轉(zhuǎn)基因大豆是通過自然界的優(yōu)勝略汰選擇基因的變化而存在下來的。

除了上面所說的，其實它們的區(qū)別不大。這兩種大豆油的味道是差不多的。即使是原料不同，但是由于在壓榨的過程中只保留下大豆的油脂，其他成分（如DNA和蛋白質(zhì)）都幾乎被去除了。所以，這兩種油的化學(xué)成分也是差不多的。